Sejarah perkembangan berdirinya STIK Indonesia tidak terlepas dari sejarah perkembangan Pendidikan Indonesia yang dimulai sejak munculnyanya ide Bapak dr. PASH. Panggabean, MPH, DR (HC) pada tahun 1996 tentang pendirian Akademi Farmasi Bina Farmasi Palu Program Diploma Tiga (D3), yang selanjutnya dikembangkan dengan pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Indonesia Jaya yang disingkat STIK-IJ yang berdiri secara resmi pada tanggal 13 Juli 1999 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Pendidikan dan Kebudayaan No. 115/D/0/1999. Program studi yang di kelola awal pendirian yaitu Kesehatan Masyarakat dengan 5 peminatan : Epidemiologi, Administrasi dan Kebijakan Kesehatan, Pendidikan Kesehatan dan Ilmu Perilaku, Gizi, Kesehatan Lingkungan dan Keselamatan Kerja, dan selanjutnya tahun 2010 ditambah Peminatan Bidan komunitas.
Komitmen STIK Indonesia Jaya Palu tercantum di dalam visi STIK Indonesia Jaya yang mengambil peran dalam membangun bangsa melalui pendidikan. Misi yang dikembangkan STIK Indonesia Jaya Palu semuanya berkaitan dengan Kesehatan walaupun pada perjalanannya dikembangkan pula disiplin ilmu lain tetapi tetap mendukung ilmu Kesehatan. Semua perkembangan yang tertuang dalam visi dan misi STIK Indonesia Jaya Palu yang jauh melihat ke depan diimplementasikan pada tingkat Program Studi. Dengan demikian Program Studi menjadi ujung tombak di dalam melaksanakan misi STIK Indonesia Jaya.
STIK Indonesia Jaya yang memiliki visi, misi dan tujuan-tujuan yang dalam pelaksanaannya didanai dan mengacu pada kebijakan-kebijakan yang telah ditetapkan oleh Yayasan Tri Karya Husada. Dalam melaksanakan kegiatannya, STIK Indonesia Jaya Palu memiliki fungsi dan tugas tertentu sesuai dengan visi, misi dan tujuan yang telah ditetapkan masih tetap memiliki komitmen terhadap dunia Kesehatan. Di dalam perkembangannya, STIK Indonesia jaya Palu sejak tahun 1999 mengembangkan program studi Kesehatan Masyarakat dan pada Tahun 2007 Membuka Lagi Program Studi Ilmu Keperawatan yang disingkat PSIK sesuai Surat Keputusan Pendidikan Nasional RI tahun 2007, selanjutnya tahun 2014 kembali Program Studi Profesi Ners sesuai Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI No. 299/E/O/2014,
Pengembangan program studi ini dikembangkan atas dasar pemikiran untuk memperkuat dan memperkaya program studi bidang kesehatan serta profesi bidasng kesehatan, khususnya untuk pengembangan mata kuliah bidang keahlian kesehatan. Selain itu, ada keuntungan lain yang didapatkan yaitu keuntungan simbiosis yang saling menguatkan ketiga program studi tersebut baik dalam bidang keilmuannya maupun dalam bidang pembelajarannya. Dalam melaksanakan fungsi dan tugasnya, program studi senantiasa mengacu pada visi dan misi STIK Indonesia Jaya Palu.